一、内设机构

1.第一检察部：负责对法律规定由基层人民检察院办理的除第二检察部承办案件以外的刑事犯罪检察等工作。办理相关刑事申诉案件。

2.第二检察部：负责对法律规定由基层人民检察院办理的职务犯罪检察、经济犯罪检察和未成年人犯罪检察等工作。办理相关刑事申诉案件。

3.第三检察部：负责刑事执行检察等工作。

4.第四检察部：负责民事、行政、公益诉讼检察等工作。

5.第五检察部：负责控告申诉检察等工作。

6.综合业务部：负责法律政策研究、检察委员会办事机构、案件管理、人民监督员等工作。

7.办公室：负责机关日常运转、督查督办工作。负责人大代表、政协委员联络工作和特约检察员的联系工作。负责检察技术与信息、财务装备、新闻宣传等工作。

8.政治部：负责思想政治、组织人事、意识形态、司法警察、检务督察、离退休人员和党群等工作。

二、派驻纪检监察组。由中共文山市纪律检察委员会、文山市监察委员会派驻市人民检察院纪检监察组。